都察院职权空前加强，事情又发生了变化。
首先，都察院、七科连为一体，人事任免，脱离吏部系统，高层由联席会议廷推产生，中低层由都察院内部人事部门独立升降。
其次，都察院、七科有权封驳、弹劾内阁及七部，并立案调查
过去，明代都察院的地位和六部相当，属于“大九卿”（六部尚书加左都御史、通政使、大理寺卿）之一，位在内阁之下。
而现在，都察院正式独立于内阁，甚至说，独立于整个政府部门之外，成为政府之外的监督力量。
相当于过去门下省和御史台的总和，左都御史成为了“台相”（都察院又称谏台）
但虽然权同宰相，却不入阁，如此，制度从过去的“一阁辖七部三院若干署”的局面，变成了“一阁一院”，也就是说，都察院虽然还叫院，但已经不是内阁下辖的部级单位了，而是和内阁首辅同等级别的独立衙门。
毕竟并不是每个大臣，都能像瞿式耜那样得到完全信任，当然，也是出于制度建设的需要，这也能看做是中兴后大明从战争年代，向承平年代的转型。