和地方巡抚、布政使司衙门相互配合。
但安北都督府则不一样，它是完全面对关外的，没有什么府县衙门和行政体系来与其配合，除了军队以外，便是态度各异的大小部落，故而任务和风险尤为沉重，当然，权力范围相较于关内，也要大得多。
关内都督府都是单纯的军事机构，但安北都督府除了军事以外，还是朝廷边疆的外交、政治机构，类似于以前汉唐在西域设立的长史府或者都护府。
故而制度配置和其他都督府不同，乃是文武兼备的。
陈贞慧受命担任都督府长史，并在长史之下，设置抚夷、支度两司通判，分别负责处理关外的部落问题，以及都督府财政支出。
考虑到不同于关内，安北都督府无法从本地直接获得税赋供给，故而还另有管理部分关外通商关口的权力。
但即使如此，事实上整个北方的新建边军体系，都还是需要财政供养。
按照内阁和财部，与枢密院的初步核算，整个山西、陕西、北直、辽宁、安北、云南六都督府，合计大约要供养常备边军十八到二十万之间，加上其他非常备的民兵，在服役的时候也是有薪水，并且还要由朝廷供粮的。
每年大约消耗财政一千八
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