东花园成为国民政府社会部、地政部、水利部和侨务委员会；西花园则成为国民政府主计处、军令部，总统府军务局、首都卫戍总司令部。
1948年5月20日，蒋介石、李宗仁在“行宪国大”分别当选总统和副总统后，国民政府改称总统府。
1949年4月23日南京解放，24日，中国人民解放军占领总统府。
从此，揭开了中国历史新的一页。
南京解放后的近50年中，总统府一直作为机关的办公场所。
自20世纪80年代以来，机关单位陆续搬迁，并于1998年在总统府旧址之上，开始筹建南京中国近代史遗址博物馆。
经过精心的规划和五年的建设，至2003年已初具规模。
目前，博物馆总占地面积为9万平方米，共分三个参观区域。
中区（中轴线）主要是国民政府、总统府及所属机构；西区是孙中山的临时大总统办公室、秘书处和西花园，以及参谋本部等；东区主要是行政院旧址、马厩和东花园。
一系列展馆和史料陈列，则分布在这三个区域中。
总统府具有诸多保存完好的近代中西建筑遗存，国内独一无二且厚重的历
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