刻有馆名的纪念石壁、郁郁葱葱的松柏和用中英日三国文字镌刻的“遇难者300000”的石壁。
墓地广场有鹅卵石、枯树和沿院断垣残壁上的三组大型灰色石刻浮雕及院内道路两旁的17块小型碑雕，部分地记载着南京大屠杀的主要遗址、史实，这是全市各处集体屠杀所立遇难者纪念碑缩影和集中陈列，还有大型石雕母亲像、遇难者名单墙、赎罪碑、绿树、草坪等诸多景观，构成了生与死、悲与愤为主题的纪念性墓地的凄惨景象。
遗骨陈列有外形为棺椁状的遗骨陈列室，这里陈列着该馆1985年建馆时，从纪念馆所在地的江东门“万人坑”中挖出的部分遇难者遗骨。
1998年4月以后，又从该馆所在地的江东门“万人坑”内新发掘出208具遇难者遗骨（表层土层中），这批万人坑遗骨经过法医学、医学、考古学、历史学者的严格鉴定，被确认为南京大屠杀遇难者遗骨，是侵华日军南京大屠杀暴行的铁证。
呈墓穴形状且半地下的史料陈列大厅内陈列着1000余件珍贵的历史照片、文物、图表和见证资料，并配有中、英、日文字说明。
采用灯箱、沙盘、泥塑、油画、复原景观、多媒体触摸屏、电视和电影（厅内近200
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