莉诺公主确实是个很好的联姻对象,在听闻埃莉诺公主的样貌和她的姨母伊莎贝拉王后斐迪南二世和伊莎贝拉女王的长女，曼努埃尔一世的第一任妻子与一生挚爱颇为相似后,曼努埃尔一世更是对这位素未谋面的公主有了浓烈的兴趣。
表面上,埃莉诺公主答应了联姻,并一直循规蹈矩地做着婚前准备，但7月,就在婚期临近时，埃莉诺公主毫无预兆地失踪,再出现时竟然宣布自己已经与莱茵-普法尔茨伯爵腓特烈二世结婚,并且“已经怀孕”。
此举无疑是一桩惊天丑闻，查理王子气急败坏，立刻要求二人“为你们口中的谎言和可耻的背叛忏悔”，但女方的母亲却反常地对此给予了支持：“这不是很好吗？”得知这一风波后，胡安娜女王大惑不解，她甚至流下了激动的热泪,“我女儿得到了幸福,对象也是一位效忠于哈布斯堡家族的忠臣,这难道不是上帝赐予的恩典吗？把埃莉诺叫过来,她的母亲要亲自祝福她的婚姻，希望她能比她母亲更幸福！”
她随后召见了埃莉诺公主和腓特烈二世,以母亲和女王的身份祝福了他们的婚姻，并为他们举行了新的婚礼，托莱多大主教告诉她这样的行为会招惹葡萄牙的愤怒，女王的决定则是亲自弥补：针对葡萄牙的愤怒，她也好言相
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