又过了大约一个时辰，城中剩余的西班牙士兵，陆陆续续开始投降，战斗进入尾声，小分队开始在城中收拢俘虏，安定民心。
郑芝龙是在申时末入城的，这时，城内的枪声已经完全停下来。
他在士兵的指引下，来到马尼拉总督府，明军士兵正在查抄总督府，总督府外的广场上，西班牙的盾徽旗已经被明军打穿了几个小孔，又斩断绳索，垃圾一样堆在地上，代之而起的是明军自己的军旗，一面崭新的日月旗，正迎着晚霞，缓缓在总督府前升起。
在城内汉人的协助下，明军很快就肃清残敌。
城内的汉人已经与李通取得联系，他们并不惧怕明军，相反，他们像是过年过节一样兴高采烈，有些人还协助明军维持城内的秩序，让陆战队的士兵有充分的人手在城内肃敌。
天黑之前，战利品初步清理出来。
明军共搜到黄金三十余万两，白银二百三十余万两，这些金银主要是在总督府的仓库中被发现的。
经过审问得知，黄金主要来自南琉球群岛的几座金矿，本来准备随塔波拉一道，启程运往西班牙国内的；白银主要是来自美洲，是随塔波拉船队横穿太平洋而来，原本预备在东方购买瓷器、茶叶、纺织品等，再运
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