五千藏兵，在三万明军面前，很快就被屠杀，但明军并不知道城内守军的数量，在杀尽五千守军后，继续在城内清缴，任何被怀疑是守军的人，不管是蒙人还是藏人，都会遭到明军的屠杀，连图鲁拜琥也死在乱军中。
停止杀戮后，明军开始在城内搜剿财物，尤其是寺庙和两大土司的腹地，更是被翻了底朝天，当然，因为是明军的敌人，普通的民宅也被明军彻底搜查了一遍。
明军将欺压藏民和汉人百姓的林葱、德格两大土司，连同他们的家人，全部当众处决。
但城内大量的藏民与蒙人，让林呈祥非常头痛。
整个客木地区，原来有藏人八万多，加上和硕特部的蒙古人，总数超过十四万，明军到来后，这些人绝大部分躲在城内，现在任由明军处置。
如果将这些人全部杀了，城外还有许多藏民，一旦讯息走漏出去，将来明军肯定会成为藏民眼中的魔鬼妖怪，难以收复藏民的心，如果让他们恢复自由，这么多的藏人蒙人，必定牵制明军大量的兵力，林呈祥还要西征，他不可能在此留下大量的士兵。
不知道从什么时候开始，城内流行一种谣言：明军极为仇视蒙古人，一定要斩尽杀绝，每个藏人只要杀死一名蒙古人，不论
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