因此，常常武力威胁格鲁派。
大明万历四十五年公元1618年，彭措南嘉武力占领色拉寺和哲蚌寺，屠杀、驱赶寺中格鲁派僧人，破坏庙宇、建筑，并随后正式建立以日喀则为中心的乌斯藏地方政权，成为继帕木竹巴、仁布巴之后又一世俗的乌斯藏贵族政权，彭措南嘉自称藏巴汗。
大明天启元年公元1621年，丹迥旺波继任藏巴汗，依然仇视格鲁派，达#赖四世去世后，丹迥旺波不让他转世，企图消灭哲蚌寺。
大明崇祯三年公元1630年，格鲁派在蒙古和硕特部的帮助下，企图收复色拉寺与哲蚌寺，双方经过激烈的武装斗争，最终丹迥旺波获胜，但为了防止敌人依据城堡与自己继续战斗，他下令，在他的统治区，除日喀则等十四城外，拆毁所有的大小城堡。
辛厦巴家族武力建立乌斯藏地方政权，统一了乌斯藏，统一了度量衡，促进了乌斯藏地区经济的发展，但战争本身，又使乌斯藏本来就稀缺的人口急剧减少，到沐启元进军乌斯藏的时候，整个乌斯藏人口中藏民还不到五十万。
丹迥旺波毁城后，将人口集中到有限的十四个城堡中，促进了藏人、蒙人和汉人之间的交流与融合，但汉人勤劳简朴、勤于思考、善于经营的个性，
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