于元朝，完备于明代。
当初元朝攻下云南之时，为了有效控制云南各地，就在各少数民族地区设万户府、千户府和百户所，任命当地民族上层人物为万户，千户和百户以管理当地。
云南行省建立后，元朝又在少数民族地区设立宣慰司、宣抚司、安抚司等机构，授各族首领宣慰使、宣抚使、安抚使、招讨使、长官等官职，对当地民族进行管理。
这样的做法致使云南土司被碎片化，但同时由于元朝管控不严，云南土司也在通过贸易而不断变强，最后发展成为了元朝难以节制的程度。
明朝征服云南后，继承了元代在云南的这种制度，承认元朝授予各族首领的官职，并加以发展，增设土知府、土知州、土知土守备、土巡检等土官。
相比较元朝的粗放式管理，朱元璋敏锐察觉到土司正在不断强盛，因此他在元朝土官的基础上又增加了考核、贡赋、征调等一系列规定，从而形成了一套完备的土司制度。
等到沐英坐镇云南时，大明已经开始以强羁縻的方式让西南土司向朝廷缴纳赋税，接受监管。
不过即便如此，此时西南土司依旧处于强盛期，哪怕傅友德和沐英已经在云南深垦多年，但眼下云南的土司数量依旧
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